Huvuddelen av SAU:s verksamhet består i att utföra utredningar och undersökningar av kulturminnen och fornlämningar i samband med exploatering, samt andra uppdrag i anslutning till detta, såsom osteologiska analyser. Rutinerade arkeologer med olika specialkunskaper utgör kärnan i SAU. Med en disputerad verksamhetschef betonas ett forskningsinriktat arbetssätt. Uppdragen genomförs i projektform och organisationen anpassas till uppdragens omfattning. Till projekten knyts erfarna arkeologer och vetenskapliga specialister. Dessa rekryteras ofta bland forskare och doktorander i arkeologi och osteologi. Genom anknytningen till Uppsala universitet och dialogen med andra undersökare finns ett brett kontaktnät.

SAU Forskningsfond
Stiftelsens styrelse avsätter en del av vinsten från SAU:s uppdragsverksamhet till en helt fristående forskningsfond, som en gång om året utlyser medel i form av stipendier. Medel tilldelas i första hand forskare och arkeologer med anknytning till avdelningen för arkeologi vid Uppsala universitet. Anslag föreslås av SAU:s Forskningsråds beredningsgrupp och fastställs av rådets styrelse.

SAU Vetenskapliga Pris
Sedan 2006 har SAU årligen delat ut ett Vetenskapligt Pris som har instiftats för att belöna en eller flera forskare som gjort insatser inom svensk arkeologi. Dessa skall ha präglats av självständighet och vetenskaplig insiktsfullhet. Prispengarna förvaltas av Forskningsfonden och pristagaren utses av en Priskommitté som inkluderar representanter från både uppdragsarkeologin och forskningen.